Bacia do Paraguai - Destaca-se por sua navegabilidade, sendo bastante utilizada para o transporte de carga. Assim, torna-se importante para a integração dos países do Mercosul.. Suas águas banham terras brasileiras, paraguaias e argentinas.

Bacia do Paraná - É a região mais industrializada e urbanizada do país. Na bacia do Paraná reside quase um terço da população brasileira, sendo os principais aglomerados urbanos as regiões metropolitanas de São Paulo, Campinas e de Curitiba. O rio Paraná, com aproximadamente 4.100 km, tem suas nascentes na região Sudeste, separando as terras do Paraná do Mato Grosso do Sul e do Paraguai. O rio Paraná é o principal curso d'água da bacia, mas também são muito importantes os seus afluentes e formadores, como os rios Grande, Paranaíba, Tietê, Paranapanema, Iguaçu, dentre outros. Essa bacia hidrográfica é a que tem a maior produção hidrelétrica do país, abrigando a maior usina hidrelétrica do mundo: a Usina de Itaipu, no Estado do Paraná, projeto conjunto entre Brasil e Paraguai.

Bacia do São Francisco - Nasce em Minas Gerais, na serra da Canastra, atravessando os estados da Bahia, Pernambuco, Alagoas e Sergipe. O Rio São Francisco é o principal curso d'água da bacia, com cerca de 2.700 km de extensão e 168 afluentes. De grande importância política, econômica e social, principalmente para a região nordeste do país, é navegável por cerca de 1.800 km, desde Pirapora, em Minas Gerais, até a cachoeira de Paulo Afonso. O principal aglomerado populacional da bacia do São Francisco corresponde à Região Metropolitana de Belo Horizonte, na região do Alto São Francisco.

Bacia do Sudeste-Sul* - É composta por rios da importância do Jacuí, Itajaí e Ribeira do Iguape, entre outros. Os mesmos possuem importância regional, pela participação em atividades como transporte hidroviário, abastecimento d'água e geração de energia elétrica.

Bacia do Uruguai - É formada pelo rio Uruguai e por seus afluentes, desaguando no estuário do rio da Prata, já fora do território brasileiro. O rio Uruguai é formado pelos rios Canoas e Pelotas e serve de divisa entre os Estados de Santa Catarina e Rio Grande do Sul. Faz ainda a fronteira entre Brasil e Argentina e entre Argentina e Uruguai. Deságua no oceano após percorrer 1.400 km. A região hidrográfica do Uruguai apresenta um grande potencial hidrelétrico, possuindo uma das maiores relações energia/km² do mundo.